Στο ιερό αυτό λατρευόταν η Μεγάλη Μήτηρ, η οποία στο τοπικό ιδίωμα ονομαζόταν Αξίερος και η οποία αργότερα ταυτίστηκε με τη θεά Δήμητρα. Πάρεδρος της μεγάλης μητέρας ήταν ο ιθυφαλλικός θεός της γονιμότητας που οι ντόπιοι ονόμαζαν Καδμίλο ή Κασμίλο και που αργότερα οι Έλληνες ταύτισαν με τον θεό Ερμή. Ακόλουθοι και των δύο ήταν δύο νεαροί γυμνοί ιθυφαλλικοί δαίμονες που ονομαζόταν Κάβειροι. Μερικές από τις άλλες θεότητες που λατρεύονταν ήταν ο Άδης και η Περσεφόνη (χθόνιες θεότητες που ονομαζόντουσαν Αξιόκερσος και Αξιόκερσα), η Εκάτη και η Αφροδίτη.

Τα Μυστήρια των Μεγάλων Θεών είχαν από τον 5^ο αιώνα π.Χ. αποκτήσει μεγάλη φήμη και παρουσίαζαν πολλά κοινά σημεία με τα Ελευσίνια Μυστήρια. Υπήρχαν δύο βαθμοί μύησης (η μύησης και η εποπτεία) και οι μυημένοι σε αυτά, που μπορούσε να ήταν οποιοσδήποτε ήθελε, είχαν την ελπίδα της καλοζωίας, της ηθικής βελτίωσης και της ευτυχισμένης μεταθανάτιας ζωής. Σ’ αυτό το ιερό γνώρισε ο Φίλιππος, ο Βασιλιάς της Μακεδονίας, την Ολυμπιάδα την οποία και παντρεύτηκε. Ήταν και οι δύο μυημένοι στα Μυστήρια των Μεγάλων Θεών.

Χριστιανικά μνημεία: Στο νησί υπάρχουν δύο παλαιοχριστιανικές. Η παλαιοχριστιανική βασιλική της Παλαιοπόλεως βρίσκεται στο ανατολικό τμήμα του αρχαίου λιμανιού και χτίσθηκε σε ανάμνηση της απόβασης του απόστολου Παύλου στη Σαμοθράκη. Η παλαιοχριστιανική βασιλική της Καμαριώτισσας δε διασώζεται. Επίσης υπάρχουν ερείπια υστεροβυζαντινών ναών, όπως του  Αγίου Κωνσταντίνου και της Παναγίας Γαλατιανής.

   Η Σαμοθράκη στη Καινή Διαθήκη

Ο απ. Παύλος μαζί με τη συνοδεία του, το Σίλα, τον Τιμόθεο και τον Λουκά ξεκινούν από την Τρωάδα για τη Νεάπολη τη σημερινή Καβάλα. Το ταξίδι τους θα διαρκέσει δύο μέρες με ενδιάμεσο σταθμό τη Σαμοθράκη (Πράξεις 16:11). Την ίδια διαδρομή θα κάνει πάλι ο απ. Παύλος από τη Νεάπολη αυτή τη φορά στην Τρωάδα (Πράξεις 20:6) αλλά τότε θα διαρκέσει πέντε μέρες. Φαίνεται πως τώρα ο καιρός είναι ευνοϊκός για το ταξίδι τους.

Η σκέψη του απ. Παύλου κατά τη διάρκεια του ταξιδιού ήταν στην Μακεδονία, στον καινούργιο τόπο που ο Θεός τον καλούσε να κηρύξει το ευαγγέλιο. Όταν όμως άρχισε να διακρίνεται στον ορίζοντα η Σαμοθράκη η σκέψη του άρχισε να στρέφεται γύρω από το πολύ γνωστό Ιερό των Μεγάλων Θεών με όλα όσα θα είχε ακούσει για τα μυστήρια και τις τελετές του. Πόσο διαφορετικό ήταν το μήνυμα που έφερνε μαζί του; Πόσο ανάγκη είχε ο κόσμος να ακούσει γι’ αυτό; Από την κορυφή του ψηλότερου βουνού της Σαμοθράκης, το όρος Σάος (1800 μ.) το τρίτο μεγαλύτερο στο Αιγαίο μετά της Εύβοιας και της Κρήτης, ο Θεός Απόλλωνας παρακολούθησε τις μάχες του Τρωικού πολέμου. Ο απ. Παύλος ήξερε καλά οτι ο δικός του Θεός θα παρακολουθούσε τις δικές του μάχες από τον ουρανό.

Το καράβι άραξε στο μοναδικό λιμάνι του νησιού, την Καμαριώτισσα, όπου αργότερα, σύμφωνα με την παράδοση, κτίστηκε προς τιμήν της επισκέψεως του απ. Παύλου παλαιοχριστιανική βασιλική, τα ερείπια της οποίας βρίσκονται στο ανατολικό τμήμα του αρχαίου λιμανιού. Δεν ξέρουμε αν κατέβηκε στο νησί ή απλώς περίμενε στο καράβι να περάσει το βράδυ για να αποπλεύσει το άλλο πρωί προς την Μακεδονία. Η βραδιά σίγουρα ήταν γεμάτη προσμονή, ενθουσιασμό αλλά και πολύ συζήτηση με τους συντρόφους του για την άφιξή τους στην Ευρώπη. Η καινούργια μέρα θα σηματοδοτούσε την αρχή μιας μεγάλης ιστορικής αλλαγής στην Ευρώπη και στην Ελλάδα.

  Η Σαμοθράκη σήμερα

Η Σαμοθράκη παρουσιάζει μοναδικό φυσικό πλούτο και ομορφιά ιδιαίτερα στο βόρειο τμήμα της. Τα δάση της είναι γεμάτα βελανιδιές, πλατάνια, καστανιές και κέδρα. Στο νότιο τμήμα κυριαρχούν οι θάμνοι όπως μυρτιές, πικροδάφνες, μέντα και θυμάρι. Το Φεγγάρι είναι η τρίτη ψηλότερη κορυφή του Αιγαίου. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν και οι υδροβιότοποι του νησιού με την εμφάνιση αρκετών αποδημητικών πουλιών. Στη Σαμοθράκη έχουν καταγραφεί πάνω από 90 είδη πουλιών, μερικά από αυτά σπάνια όπως ο χρυσαετός.

Η Σαμοθράκη απαριθμεί σήμερα 2723 κατοίκους (απογραφή 2001) οι οποίοι ασχολούνται κυρίως με τη γεωργία, και παράλληλα με την κτηνοτροφία, τη μελισσοκομία και την αλιεία. Τα τελευταία χρόνια έχει αναπτυχθεί ο τουρισμός, με τον οποίο οι κάτοικοί της ασχολούνται τους καλοκαιρινούς μήνες. Μερικά από τα αξιοθέατα του νησιού είναι οι αρχαιολογικοί χώροι, τα μεσαιωνικά κάστρα, βυζαντινά εξωκλήσια (περίπου 100), εκκλησίες, νερόμυλοι... Το νησί προσφέρεται για ήσυχες και ανέμελες διακοπές. Συνδέεται ακτοπλοϊκά με την Αλεξανδρούπολη, την Καβάλα, την Λήμνο και το Λαύριο.